El modo historia de NARUTO X BORUTO Ultimate Ninja STORM CONNECTIONS también viene con una historia original diseñada exclusivamente para el juego y centrada en Boruto. La historia también introduce nuevos personajes originales al Mundo Ninja, diseñados y desarrollados para este juego.
 

La historia tiene lugar durante los eventos de BORUTO, cuando el Mundo Ninja está en paz nuevamente con Naruto como Hokage. Boruto descubre un popular juego en línea, «Ninja Heroes», y conoce a Nanashi, una guía dentro del juego. Mientras tanto, algo inusual estaba sucediendo en el mundo real y la Quinta Gran Guerra Ninja estaba a punto de estallar. Mientras el Mundo Ninja estaba sumido en el caos, Boruto se dio cuenta de que un hombre misterioso, Merz, estaba tratando de iniciar la guerra.

Los dos personajes originales, Nanashi y Merz, serán la clave de la historia, así que espera descubrir cómo Boruto y los dos estarán involucrados en la historia.